En los 16avos de final, instancia que la Lepra nunca había superado, se vio las caras con Platense, equipo que venía de coronarse como el campeón del torneo Apertura de la Liga Profesional. En la cancha de Newell's Sebastián Villa, de penal, y Nicolás Retamar, con un testazo, anotaron para el 2-2 en el tiempo reglamentario. En los penales Ezequiel Centurión atajó dos y fue clave para que su equipo siga con vida en la competencia.
Su debut en octavos de final fue, nuevamente, en San Luis. Allí Independiente Rivadavia se vio las caras con Central Córdoba de Rosario. Pese a comenzar en desventaja, logró revertir las acciones de la mano de Iván Villalba y Mauricio Cardillo.
Los cuartos de final llevaron al Azul nuevamente a la cancha de Newell's. Su rival fue Tigre, a quien venció 3-1 de la mano de Matías Fernández, Fabrizio Sartori y Ezequiel Bonifacio con el que fue el mejor gol de la actual edición de la Copa Argentina.
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La semifinal se disputó en el Mario Alberto Kempes y, nada más y nada menos, que ante el River de Marcelo Gallardo. Luego de igualar sin goles en el tiempo reglamentario, la Lepra se impuso en los penales con un Centurión nuevamente protagonista (atajó el primero de la serie).
La final, también en Córdoba, tuvo como sede el estadio de Instituto. Alex Arce, de cabeza, y Matías Fernández (el goleador de Independiente Rivadavia en la competición), convirtieron para el equipo de Berti, que igualó 2-2 ante Argentinos Juniors en un partido no apto para cardíacos.
El Azul terminó con nueve por las expulsiones de Maxi Amarfil y Alejo Osella. Ezequiel Centurión salió lesionado sobre el final e ingresó Gonzalo Marinelli, que estaba desgarrado. El arquero, ex River y Tigre, le tapó dos veces el penal a Tomás Molina (tras la primera atajada el árbitro hizo repetir la ejecución porque se adelantó). La frutilla del postre llegó cuando Sebastián Villa, capitán y referente de la Lepra, liquidó la serie ante un viejo conocido como lo es Chiquito Romero.