Más allá del trago amargo en el certamen principal, la Sudamericana trae gratos recuerdos al pueblo boquense, ya que allí también supo escribir páginas doradas. Sus actuaciones más destacadas se dieron en las ediciones de 2004 y 2005, cuando logró el bicampeonato tras superar en las finales a Bolívar de Bolivia (con un global de 2-1) y a Pumas de México (al imponerse 4-3 en la definición por penales luego de igualar 2-2 en el marcador general).
El historial de Boca en la competencia también registra otras campañas de alto impacto, como los pasos a cuartos de final en 2003 y 2008. Sin embargo, la ocasión en la que estuvo más cerca de volver a pelear por el título fue en 2014, cuando sufrió una dura eliminación en semifinales frente a su clásico rival, River.
Aquella serie quedó marcada a fuego por el penal que desaprovechó el delantero Emmanuel Gigliotti, un cruce clave que privó al equipo de avanzar a la gran final que finalizó ganando el Millonario.
Boca ganó la Copa Sudamericana por última vez en 2005.
Así le fue a Boca cada vez que jugó la Copa Sudamericana
- 2002 - Octavos de final: eliminado por Gimnasia y Esgrima La Plata.
- 2003 - Cuartos de final: eliminado por Atlético Nacional (Colombia).
- 2004 - Campeón: le ganó la final a Bolívar (Bolivia).
- 2005 - Campeón: le ganó la final a Pumas UNAM (México).
- 2006 - Octavos de final: eliminado por Nacional (Uruguay).
- 2007 - Octavos de final: eliminado por São Paulo (Brasil).
- 2008 - Cuartos de final: eliminado por Internacional de Porto Alegre (Brasil).
- 2009 - Primera fase: eliminado por Vélez Sarsfield en la fase eliminatoria argentina.
- 2012 - 16avos de final / Segunda fase: eliminado por Independiente por gol de visitante.
- 2014 - Semifinal: eliminado por River Plate.
- 2024 - Octavos de final: eliminado por Cruzeiro (Brasil) en la definición por penales.