Hernán Manrique nació el 17 de agosto de 1973 en Buenos Aires, le decían Palito y se inició en las divisiones inferiores de Nueva Chicago.
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Pasó por All Boys, donde logró el ascenso a la B Nacional en 1993 tras ser campeón.
En 1996 pasó a Belgrano de Córdoba, donde en 1998 subió a la Primera División. Actuó en Unión de Santa Fe y en el 2000 regresó al Torito de Mataderos, donde hizo un gol en la final ante Instituto y volvió a conseguir un ascenso a Primera.
Jugó en el fútbol de Ecuador, en Huracán, Chacarita, Atlético Tucumán y Unión de Sunchales.
En el 2010 Hernán Manrique comenzó su carrera como técnico
En 2010 comenzó su carrera como DT en el 2017 llegó a Vélez, donde dirigió en infantiles y en divisiones inferiores.
Fue ayudante de campo de Marcelo Bravo en la Reserva del Fortín y fue parte del interinato entre la salida del Alexander Medina y la llegada de Ricardo Gareca.