El camino de Boca en esta etapa comenzó en la edición de 2004 ante el siempre complicado Inter de Brasil. En el encuentro de ida se impuso por 4-2, mientras que en la revancha le alcanzó con una igualdad sin goles en tierras brasileras para clasificar a la gran final, donde terminó consagrándose campeón tras vencer a Bolívar.
Al año siguiente, en 2005, el rival del Xeneize en semifinales fue la Universidad Católica de Chile. La ida disputada en la Bombonera finalizó igualada 2-2. Sin embargo, en la vuelta dio una muestra de carácter al imponerse por 1-0 gracias al gol de Rolando Schiavi a la hora de juego. Posteriormente, alzó nuevamente el título al derrotar en la final a Pumas de México.
La tercera, y última ocasión hasta el momento, fue en 2014 cuando tuvo como rival a River. Tras un empate 0-0 en La Bombonera, la vuelta comenzó favorable para Boca con un penal al minuto de juego. Pero Marcelo Barovero le atajó el remate a Emmanuel Gigliotti y el Millonario se quedó con el triunfo 1-0 tras el gol de Leonardo Pisculichi.
Ahora, en 2026, el historial suma un nuevo capítulo con el cruce entre el Xeneize y Vasco da Gama.