Casi tres décadas después, por la ida de los cuartos de final de la Libertadores 1991, el equipo de Oscar Washington Tabárez cayó 2-1 ante Flamengo. Marquinhos y Gaúcho marcaron para los locales, mientras que Gabriel Batistuta anotó de penal el descuento para un Xeneize que luego remontaría la serie en Buenos Aires.
El ansiado festejo oficial en el Maracaná llegó en 1998, durante la fase de grupos de la Copa Mercosur. Con goles de Emiliano Rey y Aníbal Matellán, Boca se impuso 2-0 y logró llevarse los tres puntos de tierras brasileñas.
Diez años más tarde el Xeneize volvió a visitar el mítico escenario. En esta ocasión perdió 3-1 ante Fluminense en el partido de vuelta de las semifinales de la Copa Libertadores 2008. Tras el empate 2-2 en la ida (jugada en Avellaneda), los argentinos quedaron fuera de la competencia.
La última vez de Boca en el Maracaná, hasta el momento, fue el 4 de noviembre del 2023. Por la final de la Libertadores de aquella temporada, el por entonces equipo de Jorge Almirón perdió 2-1 con Fluminense en tiempo extra.