Cuando el virrey Sobremonte ordenó la fundación del fuerte de San Rafael, hecho ocurrido el 2 de abril de 1805, le indicó a Teles Menezes que previo a la fundación realizara un parlamento, ya que era necesario tranquilizar a los aborígenes. En ese parlamento participó fray Francisco Inalicán, quien iba en la expedición como capellán y conversor, actuando como intérprete, y había sido pedido expresamente por la cacica María Josefa Roco, ya que era mapuche y le tenían mucha confianza. Al término del parlamento se redactaron 12 artículos que los aborígenes aceptaron e hicieron que firmara por ellos fray Inalicán. En esos artículos se les habló de formar una población y de construir una iglesia, ambos se los ofrecía el rey por si querían bautizarse y hacerse cristianos. Uno de los objetivos principales del virrey era la evangelización de los aborígenes.
En un principio respondieron que ellos querían seguir viviendo como sus antepasados, pero iban a estar atentos al buen trato que recibiesen. La cacica Roco, ya cristiana, hizo saber a todos que ella admitía la oferta del rey, pues la población y la iglesia se las ofrecía para su felicidad y vendría a instalarse en cuanto estuviera lista, palabra que fue cumplida en corto tiempo. Los demás prometieron que en la primavera vendrían para bautizarse. Fray Inalicán los hizo escuchar misa y trató de persuadirlos de que debían quedarse con una sola esposa y separarse de las otras, lo que les costó mucho. Finalmente se decidieron y vinieron a buscarlo para que los bautizara.
La capilla dentro del fuerte
Al construir el fuerte, protegida por las murallas se ubicó la capilla en dirección sur, frente a la puerta principal y a ambos lados estaban las habitaciones del comandante y del sacerdote. El virrey en una carta le solicitó a Teles que para la obra de la capilla su provisión de ornamentos y decencia del culto, le pasara presupuesto de todo lo necesario.
Poco tiempo después fray Inalicán solicitó que se le enviara un cáliz y un ara consagrados, con dos misales y también un mantel para el altar, pues el que tenía estaba roto. Había hecho votos de pobreza y realmente no contaba con todo aquello que necesitaba para poder cumplir con el santo oficio de la misa.
La capilla fue colocada bajo la advocación de la Virgen del Carmen y él mismo transportó la imagen; se comenta que la habría hecho traer de España. Esta imagen aún se conserva en la iglesia de la Villa 25 de Mayo. Es una imagen del siglo XVII de madera, con pelo natural y ropaje de tela. Hace unos años fue restaurada por las hermanas del Colegio del Carmen, quienes le hicieron un nuevo traje y le colocaron la imagen del Niño en sus brazos.
El salón que ocupaba la capilla tenía aproximadamente 5x10 metros, y según cuenta fray Inalicán en varias cartas, cuando era mucha la gente que asistía a misa la misma la celebraba en la plaza de armas, frente al fuerte.
Fray Inalicán estaba en permanente actividad y recorría toda la región llevando la evangelización a todos los rincones del Sur mendocino. Así es que Real del Padre debe su nombre a que en ese sitio él se instalaba por un tiempo para llevar la religión a los aborígenes de esa zona. No fundó ninguna iglesia más, ya que no había muchos sacerdotes que se arriesgaran hacia el Sur.
Luego del fallecimiento de fray Inalicán, la población solicitó que se les enviara otro sacerdote, pero estuvieron mucho tiempo sin auxilio espiritual. Mucha gente se fue a San Carlos, pues todos eran católicos y no querían vivir sin un sacerdote a quien recurrir.
La iglesia en el pueblo
Por datos extraídos de algunos documentos, en 1833 el fuerte estaba destruido, por lo que en 1836 se levantó otro, aunque más pequeño. De éste nos habla el comandante Juan Antonio Rodríguez, cuando levantó un censo en 1847 y dice que había hecho construir una pequeña capilla fuera del fuerte, que la describe así: “Una iglesia de largo veinte varas y de ancho seis varas y alto seis varas, con dos ornamentos nuevos y otro bien usado todo costeado por Rodríguez. En ella está colocada la santísima Virgen del Carmen con todos los útiles necesarios para su culto y veneración, misa, plática y sacramento, otro edificio para habitación cómoda para el capellán”.
Con el tiempo el edificio se deterioró demasiado “amenazando ruina” y se pensó en celebrar misa en otra parte, en deshacer lo que había, para que todo el pueblo se diera cuenta de la necesidad de construir un nuevo edificio. Se cuenta que celebraban misa en una casa particular.
Finalmente en 1872 se reunieron los vecinos y formaron una comisión, en parte designada por el gobierno, con el fin de recaudar los fondos necesarios para la construcción de un nuevo templo. El presidente de esa comisión fue el comandante del fuerte y del 7º de Caballería, don Luis Tejedor. Formaban parte de ella Alberto Cubillos, Bernardino Galigniana, Ramón Rodríguez, el padre Manuel Marco y Gonzalo Videla. También había una larga lista de señora y señoritas que colaboraban solicitando suscripciones de personas del lugar y también remitiendo esquelas a señoras y señores de la ciudad de Mendoza, para pedir una limosna para la obra.
En el mes de febrero de 1876 visitó San Rafael el obispo de Cuyo, José Wenceslao Achával, invitado por la comisión para observar los planos que habían presentado Eleodoro Estrella y Manuel Nieto; el primero la había proyectado con una nave y el segundo con tres. Ambos planos fueron elogiados por su elegancia y sencillez, pero por mayoría se eligió el de tres y por este plano pagaron cuarenta pesos. El obispo manifestó el deseo de colocar él la piedra fundamental y así se hizo, con toda la solemnidad posible.
Se había colocado la piedra fundamental de la nueva iglesia que se construiría en el pueblo de San Rafael, pero fue sólo la piedra fundamental, la construcción debió esperar todavía un tiempo.