En simultáneo, el militar destituido es juzgado por el Tribunal Oral Federal de Córdoba en un tramo de la megacausa La Perla, que se inició en diciembre de 2012, y en otro que se realiza en San Luis, que comenzó en noviembre pasado.
El ex militar fue comandante del III Cuerpo del Ejército desde septiembre de 1975 hasta septiembre de 1979, tuvo el control operativo de las Fuerzas Armadas y de Seguridad de la zona 3 y fue responsable de todos los centros clandestinos de detención que funcionaron en esa región, es decir, Jujuy, Salta, Catamarca, La Rioja, San Juan, Mendoza, San Luis, Córdoba, Santiago del Estero y Tucumán, donde compartió responsabilidades junto a su compañero de cacería humana, el fallecido Antonio Domingo Bussi.
Como no fue beneficiado por la Ley de Obediencia Debida dictada por el entonces presidente Raúl Alfonsín, se hallaba inculpado en cerca de 800 causas, y en 1988 fue procesado por 47 casos de homicidio, 76 de tormentos, cuatro de ellos seguido de muerte y cuatro sustracciones de menores, pero la Corte Suprema lo desprocesó entonces en conformidad con la Ley de Punto Final.
En 1990, recibió el indulto de Menem y ocho años después, al reabrirse una causa penal por 30 fusilamientos y asesinatos de presos políticos cometidos en 1976, fue detenido por unos días por negarse a declarar, aunque pronto recuperó la libertad.
La justicia real llegó con la anulación de las leyes de impunidad y su sentencia en Córdoba, el 24 de julio de 2008, por los secuestros, torturas y asesinatos de miembros del Partido Revolucionario de los Trabajadores abatidos en un operativo montado por el Tercer Cuerpo en diciembre de 1977.
Antes de escuchar el veredicto, advirtió en sus últimas palabras: "Antes los terroristas estaban en la ilegalidad, ahora pretenden ser ciudadanos atados a la Constitución. Confío en que los guerrilleros del 70 ahora en el poder no puedan imponer su régimen autoritario".
Un mes después, la justicia tucumana lo condenó junto a Bussi por la desaparición del ex senador provincial justicialista Guillermo Vargas Aignasse, hecho ocurrido en 1976, en la madrugada del golpe de Estado.
"La Argentina ostenta el dudoso mérito de ser el primer país en la historia que juzga a sus soldados victoriosos, que lucharon y vencieron por orden y para sus compatriotas", dijo en su descargo.
La tercera condena la recibió a fines de 2009 en Córdoba, por el secuestro, tortura y asesinato del comisario Ricardo Albareda, además de por los secuestros, tormentos y lesiones graves en perjuicio de otros perseguidos políticos.
El 18 de mayo de 2010, un tribunal tucumano volvió a condenarlo por los padecimientos de 22 personas en el centro clandestino de detención que funcionó en la ex Jefatura de Policía.
Ese año, pero en diciembre, la justicia cordobesa lo condenó por la muerte de 31 presos políticos alojados en la Unidad Penitenciaria San Martín (UP1) de la ciudad de Córdoba, ocurridos en 1976 bajo el paraguas de la Ley de Fugas, además del secuestro y torturas en contra de un civil y cinco miembros del entonces Departamento de Informaciones Policiales (D2).
El 23 de marzo de 2011, un día antes de cumplirse 35 años del golpe, fue condenado por la justicia tucumana por "homicidios doblemente agravados y violación de domicilio" en la causa Romero Niklison, en la que se investigaron los asesinatos de cinco personas.
Desde el country de Yerba Buena, donde permanecía alojado por razones de salud, defendió por videoconferencia la tesis de "una guerra contra el comunismo marxista" que sostuvo en cada juicio que afrontó.
Tras la confirmación por parte de la Corte Suprema de Justicia de la pena de prisión perpetua que dictó en 2008 el Tribunal Oral Federal de Tucumán, Menéndez fue dado de baja del Ejército en 2011, lo cual implicó la pérdida de su rango y su condición de militar, por resolución del entonces ministro de Defensa Arturo Puricelli.
En 2012, el Tribunal Oral Federal de La Rioja falló contra Menéndez y otros dos represores con la pena de prisión perpetua en cárcel común por encontrarlos culpables de los homicidios de los curas Carlos Murias y Gabriel Longueville, denunciantes permanentes de las violaciones a los derechos humanos.
Allí Menéndez, a través de videoconferencia desde el penal de Ezeiza, dijo que "para llevar adelante el juicio ha sido preciso violar numerosas normas" y que los acusados son "supuestos culpables de los supuestos crímenes que nos imputan".
En 2013, Menéndez fue condenado por el Tribunal Oral Federal de La Rioja a 20 años de prisión, por los delitos de privación ilegítima de la libertad y aplicación de tormentos, ocurridos en 1977 cuando un grupo de docentes y agricultores fueron detenidos y torturados por personal de Gendarmería Nacional con asiento en Chilecito, acusados de "subversivos".
Antes de la sentencia, Menéndez cargó contra "testigos, querellantes y demás", y defendió nuevamente a la represión de quienes "querían imponer un gobierno marxista de izquierda".
A fines de 2013 el Tribunal Oral Federal de Tucumán lo condenó a 12 años de prisión por la privación ilegítima de la libertad de Rita Ariza de Toledo y de su yerno Jorge Ygel en noviembre de 1977, amenazados de muerte para donar una finca en la localidad de Yacuchina sobre la que se levantó el pueblo de Capitán Cáceres (Monteros), uno de los cuatro fundados en el sur tucumano durante el terrorismo de estado.
La última sentencia es la que dictó el 4 de julio pasado la justicia de La Rioja, condenándolo a prisión perpetua en cárcel común por el asesinato del obispo Enrique Angelelli, asesinado el 4 de agosto de 1976 cuando el vehículo en que viajaba sufrió un vuelco provocado por otro en la ruta, cerca de la localidad de Punta de Los Llanos, próxima a la capital provincial.
En esa oportunidad, volvió a ejercer su derecho a la palabra y dijo: "es falso lo que vienen sosteniendo los subversivos, quienes ahora hablan de la inexistencia de la guerra contrarrevolucionaria y llaman represión ilegal a los esfuerzos defensivos de las fuerzas legales".